Invitrogen™ MICROBEnrich™ Kit

Zur Trennung und Isolierung bakterieller RNA aus Probengemischen. Das Invitrogen Kit enthält ausreichend Reagenzien für den Abbau von 500 μg Wirtszellen-RNA (20 Reaktionen x 25 μg RNA) aus einer komplexen RNA-Mischung aus Wirtsbakterien. Die Genexpressionsanalyse nach Interaktionen mit Wirtsbakterien revolutioniert unser Verständnis der Reaktion von Wirten auf bakterielle Infektionen. In zahlreichen Studien wurden Mikroarray-Analysen eingesetzt, um Veränderungen des Wirtszelltranskriptoms als Reaktion auf Interaktionen mit Bakterien zu verfolgen. Da es jedoch keine Methode zur Isolierung bakterieller RNA abseits der Wirtszellen-RNA gab, waren entsprechende Analysen bakterieller Transkriptome unmöglich. Das MICROBEnrich™ Kit ermöglicht eine Analyse der Expression von bakterieller RNA nach Interaktionen mit Wirtsbakterien im gesamten Genom. Start mit einer beliebigen Gesamt-RNA-Probe Für Mikroarray-Analysen und andere empfindliche Anwendungen wird eine DNase-Behandlung empfohlen, um kontaminierende genomische DNA vor dem Verfahren mit dem MicrobEnrich Kit aus der Gesamt-RNA zu entfernen. Entfernung von >90 % der Säugetier-RNA aus komplexen Gesamt-RNA-Mixturen Das MICROBEnrich Kit nutzt die Hybridisierungstechnologie (zum Patent angemeldet), um humane, Maus- und Ratten-RNA (sowohl mRNA als auch rRNA) aus komplexen Host-bakteriellen RNA-Populationen zu entfernen, so dass angereicherte mikrobielle Gesamt-RNA zurückbleibt. Im ersten Schritt des Verfahrens wird die Gesamt-RNA der Wirtsbakterien mit einer Mischung aus Oligonukleotiden für die Erfassung inkubiert, die die 18S- und 28S-rRNAs sowie polyadenylierte RNAs von Säugetieren binden. Anschließend werden die rRNA-/Oligo-Nukleotid-Hybride und alle polyadenylierten mRNAs mit von Oligonukleotiden abgeleiteten Magnet-Beads aus dem Gemisch entfernt. Nach der magnetischen Trennung bleibt die im Überstand verbleibende Bakterien-RNA übrig und kann mit Ethanol ausgefällt werden. Die mit dem MICROBEnrich Kit aufgereinigten bakteriellen mRNAs sind bessere Vorlagen für nachfolgende Anwendungen als die Gesamt-RNA und sorgen für eine drastische Erhöhung der Empfindlichkeit bei Anwendungen wie Array-Analysen.
Das MICROBEnrich Kit ist für alle Bakterienarten geeignet Das MICROBEnrich Kit wurde mit E. coli-RNA im Hintergrund von Human-, Maus- und Ratten-RNA optimiert. Das Kit sollte jedoch mit der RNA jeder Bakterienart gut funktionieren. Obwohl möglicherweise viele Wirtsspezies von Säugetieren mit dem MICROBEnrich Kit kompatibel sind, wurden für die Entwicklung und Optimierung von Oligonukleotiden für die Erfassung nur Human-, Maus- und Ratten-rRNA-Sequenzen verwendet.
Zubehörprodukte: Für die Verwendung dieses Kits ist ein magnetischer Ständer erforderlich. Diese gibt es in verschiedenen Ausführungen, einschließlich dem Magnetfuß für ein Röhrchen (SKU: AM10026), Magnetfuß für 6 Röhrchen (SKU: AM10055) und 96-Well Magnetfuß (SKU: AM10027 und AM10050). Das RiboPure Bakterienkit (SKU-Nr. AM1925) eignet sich ideal für die Aufreinigung der Gesamt-RNA der Zellen von Wirtsbakterien. Die TURBO™ DNA-freien™ oder DNA-freien DNase Behandlungs- und Entnahmereagenzien (SKU: AM1907 bzw. AM1906) sind für die Mikroarray-Analyse und andere Anwendungen empfohlen, bei denen die Entfernung kontaminierender genomischer DNA erforderlich ist. Nach dem MICROBEnrich-Verfahren kann die bakterielle mRNA mit dem MICROBExpress™ Anreicherungskit für Bakterien-mRNA (SKU-Nr. AM1905) aus der Gesamt-RNA gereinigt werden. Diese Technologie ermöglicht die Entfernung von prokaryotischen 16S- und 23S-rRNAs zu 95 %.

Nicht mit hohen Durchsatz kompatibel (manuell)

Aufreinigung und Analyse von DNA und RNA, RNA-Extraktion, Gesamt-RNA-Isolierung, Gesamt-RNA aus Bakterienproben