Thermo Scientific™ AarI (2 U/μl)

5'...C A C C T G C (N)₄▵...3'

3'...G T G G A C G (N)₈▵...5'

Bedingungen für 100 % Aktivität:

• [1x Puffer AarI] + Oligonukleotid:
• [10 mM Bis-Tris Propan-HCl (pH 6,5 bei 37°C), 10 mM MgCl₂, 100 mM KCl, 0,1 mg/ml BSA] + 0,5 μM Oligonukleotid (siehe Hinweis)
• Bei 37°C inkubieren

Lagerungspuffer:

• AarI wird geliefert in:
• 10 mM Kaliumphosphat (pH 7,4 bei 25°C), 100 mM KCl, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 0,2 mg/ml BSA und 50 % (v/v) Glycerin

Ligation und erneutes Schneiden:

• Nach 10-fachem Verdau mit AarI können über 95 % der DNA-Fragmente ligiert und erneut geschnitten werden

Methylierungseffekte:

• Dam: keine Überlappung — keine Auswirkung
• Dcm: keine Überlappung — keine Auswirkung
• CpG: kann überlappen — Schneiden ist beeinträchtigt
• EcoKI: keine Überlappung — keine Auswirkung
• EcoBI: möglicherweise Überlappung — Auswirkung unbestimmt

Verdauung von Agarose-eingebetteter DNA:

• Es sind mindestens 5 Units der Enzyme für den Verdau von 1 μg in Agarose eingebetteter Lambda-DNA in 16 Stunden erforderlich

Hinweis:

Für die Spaltung mit AarI werden mindestens zwei Kopien seiner Erkennungssequenz benötigt. Die Aufnahme von 0,5 μM Oligonukleotid mit der AarI-Erkennungssequenz im Reaktionsgemisch verbessert die Spaltung von DNA beträchtlich, vor allem die Spaltung von DNA mit einer einzelnen AarI-Stelle. Dennoch ist die vollständige Spaltung einiger Substrate mit AarI schwer zu erreichen. Ein mehr als 10-facher Überverdau mit AarI kann zu Star-Aktivität führen. AarI kann mit der gespaltenen DNA verbunden bleiben. Dies kann eine DNA-Bandenverlagerung während der Elektrophorese zur Folge haben. Verwenden Sie zur Vermeidung atypischer DNA-Bandenmuster die 6X DNA Ladefarbstoff & SDS-Lösung für die Probenvorbereitung, oder erhitzen Sie vor der Elektrophorese die verdaute DNA in Gegenwart von SDS.