Applied Biosystems™ Protein Thermal Shift™ Software v1.4

Beschreibung

Verschiedene Proteine haben unterschiedliche Protein Thermal Shift™ Profile mit jeweils einer einzigartigen Proteinschmelzkurvenform, Steigung, Signal-Rausch-Verhältnis und Temperaturschmelzbereich (siehe Beispiel rechts in der Abbildung). Die Protein Thermal Shift™ Software erzeugt aus diesen Kurven einen oder mehrere Schmelztemperaturwerte (Tm) mithilfe von zwei Verfahren: Den Boltzmann-abgeleiteten Tm und den Derivativkurven-Tm, um als Vergleichspunkte zwischen den Kurven zu dienen und die relative thermische Stabilität des Proteins unter unterschiedlichen Testbedingungen darzustellen.

Zwei Verfahren zur Erzeugung des Tm-Werts
Das Boltzmann-Verfahren passt die Daten innerhalb eines automatisch (oder manuell) identifizierten Schmelzbereichs an das Boltzmann-Modell mit zwei Phasen an, um den Tm zu erzeugen. Typischerweise wird für Proteine mit einer einzelnen Schmelzdomäne die Boltzmann-Methode verwendet. Für Proteine mit mehreren Schmelzdomänen kann jedoch die Ableitungskurvenmethode verwendet werden. Bei der Ableitungskurvenmethode wird eine numerisch berechnete zweite Ableitung der Rohdaten verwendet, um die Temperaturen zu schätzen, bei denen im Derivatprofil bis zu sechs Peaks (lokale Maxima) auftreten können. Anhand einer empirisch abgeleiteten Schwelle für das Signal-Rausch-Verhältnis wird festgelegt, welche lokalen Maxima erkannt werden.

Kompatibel mit unseren Echtzeit-PCR-Systemen
Die Protein Thermal Shift™ Analysesoftware ist kompatibel mit Dateien, die aus diesen Echtzeit-PCR-Systemen generiert werden: QuantStudioTM 3, 5, 6, 6 Pro, 7, 7 Pro und 12K Flex, StepOne™, StepOnePlus™, 7500, 7500 Fast und ViiA™7.

Bereiten Sie Ihre Proben mit unseren Protein Thermal Shift™ Kits vor
Stellen Sie Ihre Proben für die Analyse mit unserem Protein Thermal Shift™ Starterkit oder Protein Thermal Shift™ Färbekit (separat erhältlich) bereit. Diese Kits enthalten einen Farbstoff, der an exponierte hydrophobe Rückstände bindet, um die thermische Stabilität von Proteinen mit einem Echtzeit-PCR-Instrument zu überwachen, Pufferbedingungen zu identifizieren, die das Protein von Interesse stabilisieren, oder Liganden für Verbindungen zu screenen, die das Protein von Interesse binden.